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Amazon Omics Analytics の Annotation Store で定義可能なスキーマの型の確認方法
TSV/CSV 形式のアノテーションファイルを Annotation Store へインポートする際に必要な情報を探すために時間がかったので共有します。
確認結果
スキーマ定義可能な型一覧
- 数値:
LONG
,INT
,FLOAT
,DOUBLE
- 文字列:
STRING
- 真偽値:
BOOLEAN
参考: TsvStoreOptions - Amazon Omics
困っていた内容
アノテーションストア作成時にTSV and CSV formats
を選択する際には JSON 形式でスキーマの定義のファイルのアップロードが必要です。スキーマ定義可能な型は何があるのでしょうか?
スキーマ定義可能な型の情報が公式ドキュメント(Developer Guide)を確認しても見当たりません。
Creating and managing annotation store examples - Amazon Omics
確認方法
現時点ではよく確認する公式ドキュメントには未記載です。代わりに API リファレンスから該当する項目を探して有効な値を確認できます。
TsvStoreOptions - Amazon Omics
スキーマ定義可能な型は下記になります。
- 数値:
LONG
,INT
,FLOAT
,DOUBLE
- 文字列:
STRING
- 真偽値:
BOOLEAN
実際に定義した JSON ファイルをみてみたい
aws omics
コマンドのリファレンスを参考にしてください。
create-annotation-store — AWS CLI 2.10.1 Command Reference
アノテーション情報を TSV/CSV フォーマットで記述したファイルに対応する Annotation Store を作成するときに必要となる JSON ファイルのサンプルです。
{ "tsvStoreOptions": { "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE", "formatToHeader": { "CHR": "chromosome", "START": "start", "END": "end" }, "schema": [ { "chromosome": "STRING" }, { "start": "LONG" }, { "end": "LONG" }, { "name": "STRING" } ] } }
おわりに
私の様にお困りの方の参考になれば幸いです。